Это не так "чисто", как интеграция вашего контейнера IoC глубоко в фабричные классы WCF, но если вы хотите предоставить DataSource, вы можете использовать Common Service Locator (ссылка внизу) с вашим существующим Контейнер IoC и переопределить метод CreateDataSource DataService
protected override MyEntityContext CreateDataSource()
{
return ServiceLocator.Current.GetInstance<MyEntityContext>();
}
Библиотека Common Service Locator
http://commonservicelocator.codeplex.com/