Вы пытаетесь обновить корневой каталог самого сайта по умолчанию? (Т.е. измените его с C: \ InetPub на что-то еще) Если это так, InstallShield не поддерживает это. Вы можете создавать дополнительные виртуальные каталоги, а также создавать дополнительные веб-сайты, отвечающие на разные IP-адреса, порты или заголовки узлов, но вы не можете обновить корневой веб-сайт по умолчанию, чтобы не испортить существующие приложения и контент.