Если вы используете InnoSetup 5.2 или более позднюю версию, есть параметр signtool, который вы можете добавить в свой скрипт.
Вот выдержка из документации InnoSetup:
[Настройка]: SignTool
Допустимые значения: имя, за которым следует ноль
или более параметров, разделенных пробелом
Описание: указывает имя и
параметры Sign Tool, которые будут использоваться
для цифровой подписи программы установки (и удаления
если для SignedUninstaller установлено значение yes).
Когда программа установки имеет действительный цифровой
подпись, пользователи не увидят
предупреждение «неопознанная программа» при
запуск его.
Указанное имя Sign Tool и его
Команда должна быть определена в
IDE компилятора (через Инструменты |
Настроить инструменты подписи ... меню) или
командная строка компилятора (через
Параметр "/ S"), иначе будет ошибка
происходят.
Следующие специальные последовательности могут быть
используется в параметрах Sign Tool и
команды:
$ f, заменяется указанным именем файла
файла для подписи.
$ p, заменено инструментом Sign
параметры.
$ q, заменено на кавычку, полезно для
определение инструмента подписи, который содержит
цитаты из командной строки.