Вы хотите сохранить изменения, внесенные в файл? Если ответ на это да, то ответ на ваш вопрос - нет. jQuery используется для манипулирования DOM, а не HTML-документом / файлом, который был проанализирован для создания DOM.
Я бы порекомендовал для этого анализатор HTML (вы можете быть в состоянии сделать это и с регулярными выражениями, в зависимости от сложности документа). Там могут быть некоторые более простые инструменты, которые преобразуют HTML-документ в XHTML-документ, не прибегая к грязной обработке кода.