Текущая версия 1.4.2, возможно, эта версия решает эту проблему. Я знаю, что IE имеет некоторые очень странные ошибки в зависимости от версии - то есть повернутые изображения хорошо отображаются в FF и Chrome, но не повернуты в IE (отказались от этого)
Кроме того, вы можете попытаться использовать show («медленно») и hide («медленно») без fadeIn и -Out.