Примечание: я на самом деле не проверял это. Также предполагается, что у вас есть таблица «многие ко многим» с именем notes_labels, что может быть совсем не так.
Если вы просто хотите заметки, которые имеют какой-либо из ярлыков, это будет что-то вроде этого
SELECT DISTINCT n.id, n.text
FROM notes n
INNER JOIN notes_labels nl ON n.id = nl.note_id
INNER JOIN labels l ON nl.label_id = l.id
WHERE l.label IN (?, ?)
Если вы хотите заметки, которые имеют ВСЕ метки, есть немного дополнительной работы
SELECT n.id, n.text
FROM notes n
INNER JOIN notes_labels nl ON n.id = nl.note_id
INNER JOIN labels l ON nl.label_id = l.id
WHERE l.label IN (?, ?)
GROUP BY n.id, n.text
HAVING COUNT(*) = 2;
? будучи заполнителем SQL, а 2 - количеством тегов, которые вы искали. Предполагается, что таблица ссылок содержит оба столбца идентификатора в качестве составного первичного ключа.