У меня та же проблема, что и у этих парней:
Контроллеры на основе Spring Annotation не работают, если он находится внутри jar-файла
http://forum.springsource.org/showthread.php?t=64731
... но разница в том, что я использую Maven 2. в качестве инструмента для сборки.
Как добиться того же эффекта, используя Maven 2?
Я видел это решение для создания пути к классамзапись в манифесте, но она генерирует множество абсолютных ссылок на JAR, которые не имеют смысла в моей производственной среде: Maven - как добавить произвольную запись пути к классу в jar?
Maven 2 создает записи каталога, что является ответом на этот вопрос.