для начала я думаю, что ваш путь включения должен иметь косую черту. Вот мой пример:
set_include_path('../library/ZendFramework-1.5.2/library/:../application/classes/:../application/classes/excpetions/:../application/forms/');
Ваш файл начальной загрузки будет включен другим файлом (вероятно, файлом index.php). Это означает, что если ваш путь включения является относительным (как у меня) вместо абсолютного, то путь, по которому ищется Loader.php, изменяется, если изменяется файл, включающий в себя bootstrap.php.
Например, у меня есть два файла index.php в моем приложении Zend, один для внешнего интерфейса и один для области администратора. Каждый из этих индексных файлов должен иметь свой собственный файл bootstrap.php с разными относительными путями, потому что они включены в разные индексные файлы, что означает, что они должны быть относительно исходного запрошенного индексного файла, а не файла начальной загрузки, который они определены в .
Это может объяснить, почему ваша проблема временная, может быть другой файл, включая загрузочный файл, который используется только изредка. Я бы искал по всем файлам сайтов файл «bootstrap.php» и увидел все места, в которых есть этот файл.