Eclipse не генерирует файлы сервлетов для файлов JSP. Проверка происходит непосредственно по синтаксису JSP. Когда JSP развертывается на сервере приложений, таком как Tomcat, сервер может выбрать генерацию файлов сервлетов на диск, но это не обязательно. Генерация и компиляция могут происходить в памяти, или сервер приложений может даже скомпилировать файлы JSP непосредственно в байт-код.
Я не знаю конкретно о Tomcat, но если он генерирует файлы сервлета на диск, временный каталог, содержащий эти файлы, будет где-то под вашей установкой Tomcat.