У вас есть как минимум два варианта.
Первый - просто считать строки по мере их вывода (если запись не происходит сразу, сохраните вторичный файл с количеством строк в первичном файле). Когда количество строк приближается к пределу (т.е. 65 КБ), начинайте новый рабочий лист.
В зависимости от того, насколько гибкими являются ваши файловые структуры, альтернативой является запись всех строк в таблицу доступа, а затем запрос на лист Excel таблицы доступа. Это позволит обойти ограничение строки в Excel 2002