Windows не сможет читать символические ссылки, созданные Cygwin, но вы можете создавать символические ссылки Windows с помощью команд Windows, и Cygwin будет рассматривать их как символические ссылки.
В Vista и 7 это можно сделать с помощью mklink. Это встроенный cmd.exe, а не отдельная утилита, поэтому, если вы хотите вызвать его из оболочки bash, вам нужно выполнить команду «cmd / c mklink», и, конечно, он будет понимать только пути Windows.
Для XP «Инструменты комплекта ресурсов Windows» содержат утилиту linkd, которую можно использовать для создания ссылок на каталоги.