Возможно, вам нужно убедиться, что вы действительно передали эту ветку в удаленный репозиторий, а не просто зафиксировали ее.
Также убедитесь, что capistrano просматривает ту же ветку, что и вы, ожидая в файле config / deploy.rb
set :branch, "master"