Как уже упоминалось здесь. http://weblogs.asp.net/scottgu/archive/2009/09/15/auto-start-asp-net-applications-vs-2010-and-net-4-0-series.aspx
Есть ли другой способ сделать это? Просто изменив файл web.config приложения?
Автозапуск является функцией веб-сервера, а не приложения и работает только с IIS 7.5 (Windows 7 и Windows Server 2008 R2).Другая возможность - настроить скрипт запуска, который будет отправлять HTTP-запрос приложению для его запуска.