При развертывании я всегда горю, и это не мой web.config. 99% времени это связано с тем, что родительские сайты web.config наследуются дочернему веб-приложению. Что-нибудь изменилось?
Что я обычно делаю, это добавляю тег <remove>
для того, что когда-либо в разделе дает мне ошибку, но для тех, которые не могут быть сделаны (я думаю, разделы группы), и просто нужно дать другое имя.