Вы должны отличать вызовы AJAX от API REST в том смысле, что вызовы AJAX выполняются в контексте вашего приложения и могут полагаться на контекст приложения для таких вещей, как сеанс, аутентификация и т. Д.
Однако REST API - это набор API, которые вы предоставляете для использования в мире - поскольку он может полагаться на ваше приложение в таких вещах, как аутентификация, он создает совершенно новую сложность для защиты вызовов от ваших клиентов и т. Д.
Если вам просто нужен JS вашего приложения для связи с сервером, то использование контроллеров MVC - самое простое и простое решение.
Если вы хотите, чтобы эти API были отделены от кода MVC вашего веб-сайта (для целей развертывания и т. Д.) Или если вам нужен REST API, чтобы другие могли использовать его для вызова вашего приложения - WCF.