Поместите в макет страницы или мастер-страницу.
Э.Г.
<SharePointWebControls:CssRegistration ID="CssRegistrationMyCSS" name="<% $SPUrl:~sitecollection/Style Library/~language/Core Styles/myCSS.css %>" runat="server"/>
Для его постепенного изменения требуется изменить элемент управления при загрузке страницы. Не уверен, насколько хорошо это будет работать, хотя.