Вам нужно изменить код и перекомпилировать Eclipse, чтобы выложить свежую копию приложения на телефон, в противном случае он пропускает шаг переустановки, поскольку он не нужен.
Вы можете вручную удалить приложение с телефона, если вы хотите принудительно установить его заново.