5.1 является последней версией GA, остальные (5.4, 5.5, независимо от того, какой другой номер они используют) не считаются готовыми к производственному использованию. Поэтому дистрибутивы не будут поставлять его, в частности, потому что они могут включать функции, которые впоследствии будут удалены, и ваше приложение может зависеть от них (MySQL не гарантирует непрерывную поддержку функций, которых еще нет в любой версии GA). *
Я бы предложил всегда использовать двоичные файлы Sun / Oracle, а не дистрибутивы Linux, поскольку они не будут включать в себя хитрые исправления от поставщиков, которые, как показывает история, не всегда улучшают программное обеспечение.