У меня есть идея, но вы не дали нам полную картину, так что я могу быть далеко.
Я бы предположил, что iframe позиционируется с процентным или каким-то образом вычислением деления, например, 40% от родительского. Затем при определенной ширине браузера это число не делится равномерно и усекается. Скажем, он слева на 100px, и вы уменьшаете родительский элемент на 2 / 3rds, чтобы его позиционирование стало 66,66 пикселей, а браузер обрезает его до 66, давая очевидную ошибку в один пиксель влево.