Документация API - лучшее место для поиска функций, не перечисленных в примерах.(Это справедливо для любой библиотеки, а не только для YUI!)
Значение базового заголовка аутентификации доступа должно представлять собой закодированную в кодировке 64 последовательность имени пользователя, двоеточия и пароля.
Вы можете включить этот сценарий в кодировку base64.
var encoded = Base64.encode('yourUsername' + ':' + 'yourPassword');
YAHOO.util.Connect.initHeader('Authorization', 'Basic ' + encoded, true);