Это зависит от ваших предпочтений. Смешение их с файлами исходного кода облегчает рефакторинг, такой как переименование пакетов (так как ресурсы перемещаются вместе с исходными кодами), но с помощью нескольких значков, изображений и файлов локализации вы очень легко получаете беспорядок в файлах.
С сегодняшними инструментами это тоже не имеет значения. Независимо от того, используете ли вы Eclipse, Netbeans или другой инструмент, все они позволяют вам иметь бинарные пакеты с компоновкой, отличной от исходного кода. Таким образом, в конце концов, вы можете сделать это, как вы хотите.
Лично я стараюсь не смешивать источник с ресурсами, потому что я обычно меняю ресурсы очень редко, но исходный код очень часто.