Я не знаю, как работает Netbeans, но из сообщения об ошибке похоже, что интерпретатор Python 3 получает код Python 2. Я бы рискнул, что Netbeans подключает отладочный сервер к Python через перехват точки останова, поэтому, когда достигается точка останова, он запускает сервер отладки, с которым затем интегрируется среда IDE netbeans.
Этот отладочный сервер (jpydaemon.py), очевидно, не был портирован на Python 3, по крайней мере, в вашей версии.
Я сомневаюсь, что что-то выполняется Jython. Код в этом случае, кажется, написан для Jython, так как он называется jpydaemon.py, и в любом случае Jython пока не поддерживает синтаксис Python 3, поэтому, если вы пытаетесь разработать код Python 3 и запустить его с Jython, вы скорее всего потерпит неудачу. :-)
Обновление: после просмотра jpydaemon.py я пришел к выводу, что я угадал точно. jpydaemon содержит службу отладчика, которая подключается к обработчикам отладки через sys.settrace (). Итак, проблема, с которой вы столкнулись, довольно проста: jpydaemon.py еще не перенесен на Python 3, поэтому вы не можете использовать внутренний отладчик Netbeans для отладки кода Python 3.