Ваша проблема в том, что записи манифеста classpath не разделены знаком ";" персонаж.
Следующее будет работать лучше, я думаю:
<pathconvert property="mf.classpath" pathsep=" ">
<path refid="project-classpath" />
<flattenmapper />
</pathconvert>
Могу ли я предложить использовать новую задачу ANT manifestclasspath ?
<manifestclasspath property="mf.classpath" jarfile="${jar.dir}/${ant.project.name}.jar">
<classpath refid="project-classpath" />
</manifestclasspath>
Этот мощный метод будет определять пути относительно местоположения банки, например, если зависимости банка находятся в каталоге lib