Да, вы можете сделать это с параметром max_filename.
Из руководства пользователя CI :
max_filename: максимальная длина имени файла. Установить на ноль без ограничений.
Обновление:
Если вы хотите сделать это с encrypt_name, вы можете установить параметр file_name.
$config['file_name'] = substr(md5($file_name),15);