Напишите юнит-тесты, чтобы покрыть код, который вы собираетесь реорганизовать.
Затем используйте инструменты рефакторинга, например, Затмение / JDT, чтобы извлечь каждый класс. Запустите тесты для каждого задания рефакторинга.
Для дополнительного удовольствия вы можете сделать это без юнит-тестов.