Что-то, что вы можете / не можете знать - если вы удалите это поле UserRoleId из таблицы UserRole , EF вообще не потребуется отображать эту таблицу соединения, и это будетсоздайте для вас связь «многие ко многим» и выполните «тихое соединение» за кулисами с таблицей соединений.
При этом, если у вас должно быть это дополнительное полетогда вы могли бы сделать что-то вроде этого:
var userWithRoles = ctx.Users.Include("UserRoles.Role");
И аналогично:
var roleWithUsers = ctx.Roles.Include("UserRoles.User");
Как я уже сказал, в большинстве случаев многие-ко-многим только ФКтребуется в таблице соединений.
Если возможно, удалите это поле, затем обновите модель, и многие-ко-многим будут «просто работать».