Если вы хотите удалить все (локальное) хранилище данных, удалите этот файл:
./WEB-INF/appengine-generated/local_db.bin
.
Или вы можете удалить определенные объекты с помощью вызовов удаления из JDO / JPA / любого API-интерфейса хранилища данных, который вы используете.
В качестве третьего варианта вы можете попробовать просмотреть ваши данные с помощью администратора:
http://localhost:8080/_ah/admin
Поскольку "недопустимые объекты" являются довольно расплывчатыми, вам придется решить, какой из этих вариантов вам больше подходит.