Ничего особенного. Приложения ASP.NET 2.0 будут работать так же, как в IIS 6.0. Если вы хотите воспользоваться любой из новых функций, вам просто нужно обновить код. Но если вы не измените структуру заголовка ответа или не перехватите запросы для других приложений, вам, вероятно, не нужно ничего делать.