Вы уверены, что это не ваш сбой коммитов?
Предположим, вы работаете над веткой и вносите кучу изменений в конкретный файл.
Теперь вы хотите переназначить ваши коммиты на то, чем является пульт ДУ.
Все ваши изменения удаляются, затем применяются все их изменения, а затем все ваши изменения применяются повторно. Так что, если они удалили файл, над которым вы работаете? Или иным образом внесенные изменения, которые делают ваши изменения невозможными для применения?