Когда вы устанавливаете значение для UITabBarItem следующим образом:
[tabBarItem setBadgeValue:@"2"];
Вы можете удалить его следующим образом;
[tabBarItem setBadgeValue:nil];
PS: рассмотрите возможность добавления дополнительных тегов (таких как ios, iphone, cocoa-touch и т. д.) к вашим будущим сообщениям.