Единственное отличие, которое я хотел бы представить, состоит в том, что вместо запуска этих сборок из GAC они находятся в вашем каталоге /bin.Попробуйте установить для сборок MVC (Mvc / Routing / Abstractions) их свойство CopyLocal, установленное в значение true, а затем попробуйте выполнить развертывание на машине IIS6, на которой не установлен MVC.CopyLocal заставит скопировать эти ссылки на сборки в ваш выходной каталог.
Единственное, что может вызвать проблему, это если вы работаете в Medium trust, как яне уверен, что какой-либо из механизмов компиляции страниц WebForms более низкого уровня требует повышенного доверия (что им было бы предоставлено, если бы они были GAC).