Многие IDE (например, Eclipse) могут делать это, но для Java это более распространено, чем для PHP. Из-за динамической природы переменных PHP для IDE немного сложнее точно знать, что нужно изменить. Например, вы можете сделать это:
$name = "prog";
$name .= "ress";
$cls = new $name();
В среде IDE должно быть запущено ваше приложение, чтобы узнать, что $ name содержит «progress» в данный момент. Даже тогда не было бы способа автоматически исправить это.
Так что, к сожалению, вы застряли с поиском и заменой. Не волнуйтесь, хотя; изменение имен классов во время разработки - это хорошо. Это заставляет вас переосмыслить, для чего предназначен класс.