Что касается вашего вопроса о том, какой файл конфигурации используется, ниже приведено объяснение от http://www.php.net/manual/en/configuration.file.php. Его ищет php-cgi.exe, а не IIS.Обратите внимание, что одним из мест, где он выглядит, является переменная среды PHPRC, которая может быть установлена в конфигурационном файле IIS «applicationhost.config».
php.ini ищется в следующих местах (по порядку): ◦Специфичное расположение модуля SAPI (директива PHPIniDir в Apache 2, параметр командной строки -c в CGI и CLI, параметр php_ini в NSAPI, переменная среды PHP_INI_PATH в THTTPD)
variable Переменная среды PHPRC.До PHP 5.2.0 это проверялось после того, как ключ реестра упоминался ниже.
PHP Начиная с PHP 5.2.0, расположение файла php.ini может быть задано для разных версий PHP.Следующие ключи реестра рассматриваются в следующем порядке: [HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ PHP \ xyz], [HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ PHP \ xy] и [HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ PHP \ x], где x, y и z означают мажор PHP,минорные и релизные версии.Если в каком-либо из этих ключей есть значение для IniFilePath, первый найденный будет использоваться в качестве местоположения php.ini (только для Windows).
◦ [HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ PHP], значение IniFilePath (Windowsтолько).
◦ Текущий рабочий каталог (кроме CLI).
◦ Каталог веб-сервера (для модулей SAPI) или каталог PHP (в противном случае в Windows).
directory Каталог Windows (C: \ windowsили C: \ winnt) (для Windows), или --with-config-file-path время компиляции.