Я не уверен, что понимаю вопрос, так как всплывающее окно со списком по умолчанию прокручивается.
Однако, как правило, для прокрутки компонента, добавляемого в область прокрутки, вы должны использовать метод scrollRectToVisible (...) для этого компонента.
Всплывающее окно со списком использует JList для хранения каждого элемента. Вы можете получить доступ к JList используя:
Object child = comboBox.getAccessibleContext().getAccessibleChild(0);
BasicComboPopup popup = (BasicComboPopup)child;
JList list = popup.getList();