Реализация KeyStore
зависит от запрашиваемого вами типа, а для некоторых типов также будет зависеть от провайдера.
Если вы говорите о типе "JKS", вы можете найти описаниеформата и используемых здесь алгоритмов .
В хранилище ключей JKS нельзя указать алгоритм шифрования для закрытых ключей.