1) Поместите флэш-фильм в оболочку DIV с помощью position:relative.
2) Установите для флэш-фильма параметр wmode="opaque"
3) Поместите оверлей DIV внутрьоболочка с той же шириной и высотой, что и у вашего фильма, но с значением z-index, position:absolute;top:0;left:0
4) Подключите клиентское событие для наложения