Собственное подключение GAE к внешнему серверу MySQL по-прежнему невозможно, единственное исключение - Googles Cloud SQL. Мы используем его в нашей производственной среде, и нам нравится этот опыт. Стабильно и производительность хорошая.
Собственная база данных GAE хорошо масштабируется, и мы используем ее в большинстве ситуаций, но в случаях, когда нам нужно задавать более сложные вопросы или нужны агрегатные функции, мы используем Googles Cloud SQl.