Чтобы получить самые низкие позиции x и y отдельно, используйте
var lowestX = pointCollection.Min( p => p.X );
var lowestY = pointCollection.Min( p => p.Y );
Если вам нужна позиция с наименьшими комбинированными позициями X и Y, используйте
var lowest = pointCollection.Min( p => p.X + p.Y );