Я не думаю, что они должны заходить в веб-приложение, потому что я считаю, что загрузчик классов срабатывает после загрузчика классов EJB. Если я прав, ваш EJB потерпит неудачу, потому что не может найти то, что ему нужно.
Что касается JAR и EJB, это будет зависеть от ваших требований к разделению классов сущностей. Поместите их в EJB, если они нужны только одному EJB; поместите их в отдельный JAR, если они являются общими.