Вы уже получаете двоичные данные от base64_decode
(если закодированные данные были фактически двоичными), только эти двоичные данные интерпретируются как кодировка для некоторого текста, независимо от того, что вы выводите ( браузер?). Сам вывод «0011010110011001» также будет только текстом, который будет закодирован с использованием некоторого (другого) двоичного потока. Компьютер не работает с 1 и 0 внутри, вопреки распространенному мнению. Если вы хотите визуализировать двоичные данные в форме 1 и 0, вам нужно будет выполнить двоичное / текстовое преобразование самостоятельно. Обычно это довольно бессмысленная вещь.
Вы, вероятно, уже делаете правильные вещи. Ваша ошибка в том, что двоичные данные будут представлены как "0100101010".