Один из способов сделать это с помощью расширенных регулярных выражений:
vinko@parrot:~$ echo "## ### ff ## e ##44" | sed -r s/#+/#/g
# # ff # e #44
С регулярными регулярными выражениями:
vinko@parrot:~$ echo "## ### ff ## e ##44" | sed -e s/##*/#/g
# # ff # e #44
Только после знака равенства:
vinko@parrot:~$ echo "param=## ### ff ## e ##44" | sed s/=##*/=#/g
param=# ### ff ## e ##44