У меня была точно такая же проблема - очень раздражает, когда ваше собственное веб-приложение использует папку / Reports, не может понять, почему я получаю ошибки «Файл или каталог не найден» в IIS при переходе на страницу моих отчетов.
Фил прав, самое простое решение (с использованием SQL Server 2008 R2) - запустить диспетчер конфигурации служб Reporting Services, подключиться к локальному экземпляру и изменить виртуальный каталог в разделе «URL-адрес диспетчера отчетов» на что-то более уникальное (я использовал) /ReportingServices ").
Это устранило проблему, и папка my / Reports была восстановлена в моем собственном веб-приложении!