Решением было использование activePDF Toolkit другим способом ...
APToolkitNET.FieldInfo myFI = aTK.FieldInfo(x.Key.ToString(),1);
aTK.PrintImage(logoPath, myFI.Left, myFI.Bottom, myFI.Width, myFI.Height, true, 1);
aTK.DeleteFormField(x.Key.ToString());
Кнопка имела правильное расположение и размеры, поэтому для получения этих значений используется класс FieldInfo. Затем вызывается PrintImage с указанием пути к изображению и местоположением до удаления кнопки.