ClickOnce предназначался для интеллектуальных клиентских приложений и хорош для приложений WPF, в зависимости от того, что еще происходит в нем. Если вам нужно установить его для всех пользователей или записать в реестр во время установки, это не сработает.
Мы используем его в моей компании и выпускали много обновлений. У нас тысячи клиентов, и мы добились большого успеха с ClickOnce.