.. но Internet Explorer предупреждает пользователей при запуске локального контента ..
Я не понимаю, в чем проблема с IE, который говорит: «Эй, это приложение пытается запустить ваши файлы!»
Я не имею в виду, что у вас нет веских причин для этого, просто я не понимаю.
IE только предупредит пользователя, если приложение не было загружено, и попытается получить доступ к локальным ресурсам, например, если он запускается из апплета или JNLP, как этот one: (нажмите на первую оранжевую кнопку вы видите)
Но если пользователи скачают флягу и запустят ее с компьютера (дважды щелкните по ней), приложение будет локальным и может работать без проблем.
В конце концов, jar-файл - это zip-файл, поэтому вы можете прикрепить к нему свой mp3-файл. Двойной щелчок поддерживается на нужной платформе, и HTML-контент может быть либо локальным файлом (не упакованным вместе с mp3-файлом), либо веб-страницей в Интернете.
Java уже установлена в этих ОС.