Это сильно зависит от масштаба вашего проекта, вашей среды и вашей внутренней базы пользователей. Я редко внедряю с MSI, потому что мы слишком малы, чтобы иметь несколько сред (кроме SharePoint, все вместе). Мы разрабатываем и используем VS для развертывания веб-приложений в блоке разработки, при условии, что они одобрены, а затем снова используем VS для развертывания в оперативном окне.
Единственное условие - у нас есть несколько копий файла web.config (с добавлением test, dev и live), а затем мы удаляем суффикс из соответствующего файла в зависимости от того, где он был развернут.
Вероятно, это не лучшая методология (я знаю, что это не так), но она работает, и она способствует быстрому развертыванию решений малого и среднего размера в среде малого пользователя.