HTML Agility Pack подавляет узлы с ? в имени. Самым простым вариантом, вероятно, является просмотр строки HTML перед загрузкой в объект документа и замена экземпляров <? на <php и так далее. Это не обрабатывает неприятные случаи, такие как наличие строкового литерала на странице с "& lt?" но на самом деле, как часто это происходит?