Нет (по крайней мере, не со стандартным API DOM).
Деревья DOM не связаны с определенной сериализацией. На самом деле, существуют различные способы вывода дерева DOM, и они могут дать разные результаты для номера строки элемента.
Когда вы анализируете XML-документ в DOM, вы можете получить SAXParseException с номером строки в случае ошибки. Но информация теряется после разбора.