Расширения Safari (global.html) работают как маленькие веб-страницы вокруг ваших страниц. кроме деклараций «прокси» для обмена данными, функциями, обработчиками с внедренными сценариями, должна быть возможность где-то подключаться к другому веб-контенту. я тестировал xml-httprequest из global.html (ajax), он работал как шарм.
но если вы хотите вызывать функции javascript из вашего внедренного скрипта, но из вашего контента (страницы автора сайта), убедитесь, что вы вызываете их после того, как они будут готовы.
все, что вы можете вызвать из главной консоли (webkit), также возможно из скрипта.