В Eclipse xdebug иногда немного нестабилен. Здесь я использую Zend Studio с Zend Debugger и xdebug. Все отлично работает.
Насчет остановок, у меня тоже есть проблема. Единственный способ контролировать это - использовать панель инструментов Zend для вызова отладчика из Firefox / IE.
Я знаю людей, которые тоже отлично работают с Netbeans + xdebug.
Попробуйте скачать и установить Zend Debugger и настроить Eclipse для работы с ним. В Eclipse Helios есть много улучшений - попробуйте, если вы используете старую версию Eclipse.